Đối với cơ quan hành chính nhà nước:

Bước 1. Cơ quan hải quan tiếp nhận hồ sơ; kiểm tra điều kiện và đăng ký tờ khai hải quan; kiểm tra hồ sơ và thông quan đối với lô hàng miễn kiểm tra thực tế hàng hoá

+ Tiếp nhận hồ sơ hải quan từ người khai hải quan theo qui định tại Điều 11 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.

+ Nhập mã số thuế, kiểm tra điều kiện đăng ký tờ khai (cưỡng chế, vi phạm, chính sách mặt hàng):

+ Nhập thông tin khai trên tờ khai hải quan hoặc khai qua mạng, hệ thống sẽ tự động cấp số tờ khai và phân luồng hồ sơ

+ Đăng ký tờ khai (ghi số tờ khai do hệ thống cấp lên tờ khai)

+ In Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra hải quan

+ Kiểm tra hồ sơ hải quan

+ Duyệt hoặc quyết định thay đổi hình thức kiểm tra thực tế hàng hoá theo khoản 2 Điều 29 Luật Hải quan và duyệt kết quả kiểm tra hồ sơ hải quan

+ Nhập thông tin trên Lệnh vào hệ thống và xử lý kết quả kiểm tra sau khi được lãnh đạo chi cục duyệt, chỉ đạo

+ Xác nhận đã làm thủ tục hải quan và chuyển sang Bước 3 đối với hồ sơ được miễn kiểm tra thực tế hàng hoá  hoặc chuyển hồ sơ phải kiểm tra thực tế hàng hoá sang Bước 2.